Das Böse ist nicht nur immer und überall, sondern immer öfter auch übernatürlicher Natur. Gegen all die mysteriösen und außerirdischen Garstigkeiten gründete man die Spezialeinheit S.H.I.E.L.D. (Strategic Hazard Intervention Espionage Logistics Directorate). Das Team rund um Phil Coulson besteht aus übertalentierten und teils mit Superkräften ausgestatteten Agenten. Ihre Aufgabe ist es, die Menschheit weltweit vor den neuen fremdartigen Bedrohungen zu beschützen.

Die Agents of S.H.I.E.L.D. stammen aus dem Marvel-Universum, welches unter anderem die Superhelden Iron Man, Hulk, Captain America, Thor oder auch Spider-Man hervorbrachten.  Die TV-Serie setzt nach der Schlacht um New York an, in der die Avengers rund um Iron Man die Invasion der Chitauri  gerade noch abwehren konnten und danach getrennte Wege gingen. Der Schutz über alles Irdische obliegt nun den Marvel's Agents of S.H.I.E.L.D.!